La directiva de Institutos Educacionales Asociados está liderada por el Consejo Directivo, en la que participan, de forma voluntaria y luego de ser escogidos a través de una elección bianual realizada en Asamblea Ordinaria, distintos padres y representantes de la institución, quienes lo conforman junto a la directora del colegio.
Actualmente, el Consejo Directivo de IEA está integrado, para el período 2019-2021, por Juan Pablo Zambrano, presidente; Ivonne Blanco, directora de IEA y vicepresidente; María Auxiliadora Herrera, secretaria; Sibel Noguera, presidente de ASOPADRES; Keyla Villarroel, representante docente así como los distintos miembros electos para el periodo antes mencionado, a saber: Ernesto Soto, Guillermina de Grau, Hernán Daza, Ángel Cova, Ana Karina Rosas, Marieliza Piñango y Johann Gómez.